EKSTRAKSI DNA SEL EPITHEL PIPI

EKSTRAKSI DNA DARI SEL EPITHEL PIPI

Rangkuman:

Siswa akan melakukan ekstraksi DNA dari sel spithel pipi

Prasyarat:

Siswa sebaiknya mengetahui fungsi dasar DNA dan tempatnya dalam sel

Tujuan Pembelajaran

1.         Siswa akan mengamati DNA miliknya sendiri

2.         Siswa akan belajar cara sederhana eksktraksi DNA dan dapat menjelaskan alasan dari setiap langkah-langkah yang dilakukan.

3.         Siswa dapat menjelaskan mengapa eksktraksi DNA begitu penting bagi para saintis

Latar belakang

Semua organisme hidup memiliki DNA. Beberapa jenis buah-buahann cocok untuk dilakukan eksktraksi DNA karena memiliki jumlah kromosom yang banyak. Misalnya buah strawberi dengan tipe kromosom oktoploidi (8 set pasangan kromosom), yang artinya setiap pasangan kromosom bukan 2 tapi 8 untuk setiap pasangan. Oleh sebab itu buah strowberi sering digunakan sebagai media untuk aktivitas ekstraksi DNA.

Sel-sel somatik (sel tubuh) manusia memiliki set kromosom diploid. Hal ini berarti setiap pasangan kromosom terdiri atas dua buah kromosom. Untuk melakukan eksktraksi DNA dari sel somatic (diambil dari sel epithel pipi), biasanya hanya menghasilkan sejumlah kecil. Walaupun demikian siswa sangat antusias untuk mengamati bagaimana bentuk dan struktur DNA yang mereka miliki.

Benang DNA sangat sulit untuk diamati dengan menggunakan mata biasa. Sebagai perbandingan jika kita satukan satu juta benang DNA akan sama dengan besarnya huruf times new roman size 12. Dalam aktivitas ekstraksi DNA ini mengapa kita dapat melihat DNA dengan kasat mata, karena pada waktu yang bersamaan sejumlah besar  DNA berkelompok secara berbsama-sama.

Langkah Kerja

Prosedur ekstraksi DNA cukup sederhana, hanya memerlukan beberapa langkah yaitu:

1.         Detergen yang digunakan untuk menghancurkan membrane sel dengan cara memutuskan ikatan lemak (pospolipid), juga membrane nucleus. Dengan rusaknya membrane sel dan membrane inti, maka DNA terlepas ke larutan.

2.         Penambahan garam bertujuan untuk melepaskan ikatan protein dari molekul DNA

3.         Penambahan alcohol. DNA tidak larut dalam alcohol demikian juga bagian-bagian sel tumbuhan lainnya. Dengan penambahan alkohol menyebabkan DNA keluar dari larutan dan mengapung di permukaan alcohol membentuk guratan seperti sabun. Semakin dingin alkohol, maka akan semakin sedikit DNA yang larut di dalamnya.

Prosedur kerja

1.         Siapkan larutan garam 0,9 % (2 sendok teh garam meja dilarutkan dalam 1 liter air)

2.         Tuangkan 10 ml larutan garam ke dalam gelas bekas air mineral

3.         Siapkan larutan detergen 25% (1 volume detergen dicampur dengan 3 volume air)

4.         Tuangkan 1 sdm (5 ml) larutan detergen kedalam tabung reaksi besar

5.         Tuangkan 10 ml alcohol kedalam tabung reaksi besar dan tutup agar tidak menguap. Dan dinginkan dalam tumpukan es

Penerapan dalam pembelajaran

Pendahuluan :

a.         Membuat preparat sel spithel pipi

1.         Siapkan kaca benda dengan penutupnya dan tusuk gigi bersih

2.         ambil tusuk gigi bersih dan oleskan ke arah atas dan bawah pada pipi sebelah dalam

3.         gulir-gulirkan tusuk gigi tersebut di atas kaca benda yang telah diberi setetes air

4.         tutup dengan kaca penutup

5.         tambahkan 1 tetes metilen blue pada sisi sebelah kanan dan tempelkan tissue di sisi sebelah kiri hingga cairan metilen blue bergerak masuk sampai ke bawah penutup

6.         amati dibawah mikroskop, bagain yang berwarna biru pekat adalah inti sel

7.         biru pekat disebabkan kromosom adalah struktur yang mudah menyerap warna, dan di dalam kromosom terdapat DNA

b.        eksktraksi DNA sel pipi

1.       siswa berkelompok 2 orang untuk melakukan eksktraksi DNA pipi dari salah satu siswa

2.       ambil 10 ml air garam, dan berkumurlah dengan menggunakan air garam selama 30 menit. Ini akan melepas sel-sel epithel  terlepas dari pipi

3.       tuang air kumur-kumur ke dalam gelas bekas air mineral

4.       siapkan tabung reaksi besar, isi dengan 5 ml larutan detergen

5.       tuangkan air kumur-kumur tadi hingga ½  bagian dari tabung reaksi

6.       tutup tabung reaksi dengan ibu jari, dan goyangkan secara perlahan selama 2 – 3 menit agar terjadi percamuran kedua larutan tersebut. PERHATIAN : jangan mengguncang tabung reaksi atau mencampurnya dengan penuh semangat, sebab DNA akan terpecah menjadi bagian-bagian yang kecil dan akan menyulitkan pengamatan nantinya

7.       buka tutup tabung reaksi reaksi, dengan sedikit di miringkan tuangkan alcohol dingin pada sisi tabung reaksi. Alcohol dan detergen harus membentuk dua lapisan yang berbeda dengan alcohol berada pada permukaan atas (seperti minyak yang di campur dengan air)

8.        dengan menggunakan spatula ambillah benang DNA yang mengambang pada permukaan alcohol dengan cara melilitkannya pada spatula atau menggunakan pipet

9.       Pindahkan dalam tabung ependoff yang telah di isi alcohol. Dalam larutan ini DNA dapat bertahan lama dalam penyimpanan

Pertanyaan

1.         Dalam proses eksktraksi DNA digunakan detergen cair, Apakah tujuan dari penggunaan detergen cair tersebut? Apa yang terjadi pada struktur sel dengan adanya penambahan detergen?

2.         Bagaimana juga peran alcohol dalam proses eksktraksi?

3.         DNA adalah molekul yang sangat kecil, hanya dapat di lihat dengan menggunakan mikroskop electron. Untaian benang DNA selalu dalam keadaan berkelompok. Untaian putih yang terlihat keluar dari eksktraks menuju ke larutan alcohol merupakan gabungan untaian DNA. Dengan demikian apakah sebenarnya untaian putih yang tampak sebagai hasil dari proses eksktraksi DNA

4.         Apa perbedaan mendasar yang teramati tentang kuantitas untaian putih yang tampak dengan menggunakan bahan dasar sel epithel pipi dan buah bawang merah, strawberi atau pisang? Mana yang kuantitas untai benang yang terbentuk lebih banyak? Mengapa demikian? 

5.    Pada percobaan tersebut juga di gunakan alcohol yang dalam keadaan dingin. Berikan argumentasi mu mengapa  demikian? Apakah ada perbedaan yang nyata dengan menggunakan alcohol pada suhu kamar?

Download file Docx